El río Montoro tiene su nacimiento en Sierra Madrona, en el término municipal de Fuencaliente, al pie del Pico del Judío. En su tramo más alto puede reconocerse un mosaico bien conservado de tamujares, alisedas, y fresnedas; además aparecen espinares de orla, saucedas, brezales higrófilos y diversas formaciones helofíticas, acuáticas y anfibias. En los terrenos cercanos al río se encuentran numerosas manchas boscosas y adehesadas de encinar y quejigar. A continuación se interna en el Valle de Alcudia, pasando por el término municipal de Mestanza, en donde se represa su caudal para aprovechamiento de uso humano en los pantanos del Tablillas y del Montoro. El tramo final del río es el más desfavorecido, pues a duras penas mantiene en los meses más secos del año la vegetación de ribera con el poco caudal que filtra la presa, aunque siguen persistiendo tamujales y adelfares. Poco después confluye con el río Fresnedas para formar el río Jándula.